Como norma general, los Certificados comunitarios sólo se expedirán cuando, tratándose de un vertebrado vivo, éste haya sido marcado de manera única y permanente (mediante un microchip, o una anilla cerrada si es un ave). No obstante, si por problemas del espécimen (tamaño, edad u otros factores) o de la especie, no pudiera marcarse, se podrá conceder una excepción siempre y cuando esta circunstancia se haya debidamente acreditado.
Las disposiciones relativas al marcado figuran en los artículos 64 a 68 del Reglamento (CE) 865/2006. Asimismo, la Reglamentación Comunitaria exige el marcado de los especímenes en algunos casos:
- Para el comercio dentro de la UE : deben marcarse todos los vertebrados vivos de especies incluidas en el anexo A del Reglamento (CE) 338/97 para los que se expida un Certificado CITES UE.
- Para el comercio fuera de la UE: deben marcarse los vertebrados vivos de especies del Anexo A que pertenezcan a: una exhibición itinerante, los animales criados en cautividad en centros registrados por la Secretaría CITES , los animales procedentes de granjas de cría o engorde aprobadas por la Conferencia de las Partes, y los animales de especies del apéndice I para los que la Conferencia de las Partes haya aprobado un cupo de exportación.
Además, de acuerdo con el Reglamento (CE) 865/2006:
- Todos los envases de caviar de Acipenseriformes spp deben de estar marcados, tanto para el comercio dentro de la UE como con países terceros, de acuerdo con señalado en los artículos 64 y 66 del Reglamento citado. Las empresas envasadoras y reempaquetadoras deben registrarse ante la Autoridad Administrativa de su país. El sistema de marcado para el caviar, aprobado por los países Parte, se encuentra recogido en la Resolución de la Conferencia de las Partes 12.7 (Rev. Cop. 13) sobre "Conservación y comercio de esturiones y peces espátula".
- Las pieles enteras o substancialmente enteras de cocodrílidos (Crocodylia spp), así como los flancos deben ser marcados para el comercio con países terceros, pero deben conservarse las marcas intactas, salvo si éstas se retiran durante el curtido u otro tratamiento para poder obtener etiquetas de reexportación, siendo conveniente conservarlas.
- Para importar o reexportar los siguientes artículos, los especímenes deberán de estar marcados, por lo que se conservarán las marcas: pieles o trofeos de caza de leopardo, guepardo, markhor, y especímenes de especies para los que la Conferencia de las Partes haya aprobado una cuota de exportación, así como los colmillos de elefante en bruto o trozos sin trabajar de más de 20 cm o 1 Kg.