Como norma general, los Certificados comunitarios sólo se expedirán cuando, tratándose de un vertebrado vivo, éste haya sido marcado de manera única y permanente (mediante un microchip, o una anilla cerrada si es un ave). No obstante, si por problemas del espécimen (tamaño, edad u otros factores) o de la especie, no pudiera marcarse, se podrá conceder una excepción siempre y cuando esta circunstancia se haya debidamente acreditado.
Las disposiciones relativas al marcado figuran en los artículos 64 a 68 del Reglamento (CE ) 865/2006. Asimismo, la Reglamentación Comunitaria exige el marcado de los especímenes en algunos casos:
Además, de acuerdo con el Reglamento (CE) 865/2006:
Subd. Gral. de Inspección, Certificación y Asistencia Técnica del Comercio Exterior